Os ácidos orgânicos do mel representam menos que 0,5% dos sólidos, tendo um pronunciado efeito no flavor, podendo ser responsáveis, em parte, pela excelente estabilidade do mel em frente a microorganismos. Na literatura, pelo menos 18 ácidos orgânicos do mel já foram citados. Sabe-se que o ácido glucônico está presente em maior quantidade, cuja presença relaciona-se com as reações enzimáticas que ocorrem durante o processo de amadurecimento. Já em menor quantidade, podem-se encontrar outros ácidos como: acético, butírico, lático, oxálico, fórmico, málico, succínico, pirúvico, glicólico, cítrico, butiricolático, tartárico, maléico, piroglutâmico, alfa-cetoglutárico, 2- ou 3-fosfoglicérico, alfa- ou beta-glicerofosfato e vínico (Strison et al., 1960; White, 1975; Mendes & Coelho, 1983).
Tan et al. (1988) constataram alguns ácidos aromáticos no mel unifloral de manuka (Leptopermum scoparium) que não estavam presentes no néctar de suas flores.
Os méis de manuka e de viperina (Echium vulgare), apresentam alta atividade antimicrobiana, podendo essa atividade estar relacionada com a presença de alguns tipos de ácido (Wilkins et al., 1993-95).